最近忙しかったりなんやかんやで更新が滞っていましたが、コツコツ進んでいます。 因果推論のほうはCausal inference- what ifをchapter4まで読みました。 chapter3 observational studyを読んだなかでは、因果効果の識別三条件のうちconsistencyの理解が最…
大学院の輪読会でClinical epidemiology the essentialsを読んでいます。 https://www.amazon.co.jp/Clinical-Epidemiology-Grant-Fletcher-MPH/dp/1975109554 タイトル通り臨床疫学のエッセンスがコンパクトに詰まっていて、かなり勉強になります。 既に大…
因果推論の王道教科書Causal inference- what ifを読んでいます。 https://www.hsph.harvard.edu/miguel-hernan/wp-content/uploads/sites/1268/2024/04/hernanrobins_WhatIf_26apr24.pdf 月に1chapterずつゆっくりやっていますが、Chapter2まできて、associ…
BNZ+SはBNZ単独使用に比べてMMVD stageCの犬のCardiac endpoint到達率を下げるか？ Coffman, M. et al. Clinical efficacy of a benazepril and spironolactone combination in dogs with congestive heart failure due to myxomatous mitral valve disease:…
先月投稿していたCase reportがアクセプトされVeterinary medicine and scienceに出版されました Successful laparotomic ethanol ablation for an adrenal tumour in a dog Successful laparotomic ethanol ablation for an adrenal tumour in a dog - Furu…
疾患犬を用いて、凝固系検査(aPTT,PT,D-dimer)とトロンボエラストグラフィ（TEG）による凝固亢進状態の関連性を評価した前向き研究 Clarkin-Breslin, R. C., Chalifoux, N. V. & Buriko, Y. Standard tests of haemostasis do not predict elevated thromboe…
犬のPT,aPTTの短縮と凝固亢進状態の関連性を評価したRetrospective study Song, J., Drobatz, K. J. & Silverstein, D. C. Retrospective evaluation of shortened prothrombin time or activated partial thromboplastin time for the diagnosis of hyperco…
リスク比の適切な可視化方法に関するコメンタリー論文 Fujii, R. Visualization of Relative Measures of Association: Points and Error Bars With an Appropriate Axis Scale. J. Epidemiology 33, 487–488 (2023). dx.doi.org Fig.Aのように0始まりの棒グ…
Rで予測モデルの内的妥当性検証を行うためのパッケージはいくつか有るが、自分がほしい解析を一括で扱ってくれるいい感じのパッケージがなくて困っていた。 特に、c-statistics, calibration slope, calibration interceptのbias-corrected estimationを最尤…
logistic regression modelのsample sizeの基準は10 EPVで十分なのか、シミュレーションで評価 Smeden, M. van et al. No rationale for 1 variable per 10 events criterion for binary logistic regression analysis. BMC Méd. Res. Methodol. 16, 163 (20…
心不全症状で入院したHFrEF患者において、ACEi/ARBを継続的に使用するか中断するかのパターンと短期・長期の予後の関連性を評価 Gilstrap, L. G. et al. Initiation, Continuation, or Withdrawal of Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitors/Angiotensin …
いわゆるTable2によく記載される共変量のORの解釈の誤謬に関する解説 Westreich, D. & Greenland, S. The Table 2 Fallacy: Presenting and Interpreting Confounder and Modifier Coefficients. Am. J. Epidemiology 177, 292–298 (2013). 医学分野でよく生…
医学のための因果推論Iをこつこつ勉強しています。独学した内容をまとめる機会があったので、備忘録的にこちらに記録を残しておきます。 Harrell先生のRegression modeling strategyはやはり名著。Fisher情報量はネットを調べていてもスッキリしなかったが、…
一般化線形モデルの勉強の一環として、条件付き期待値と確率分布の性質についてRの乱数シミュレーションで確認してみる 条件付き期待値の性質 相関関係のある乱数y1,y2を生成 set.seed(1) rho <- 0.7 x <- rnorm(n=1000,mean=0,sd=3) e1 <- rnorm(n=1000,mea…
moderate-high risk patientsにおける心臓外科手術後の制限輸血or自由輸血それぞれの28dまでの複合アウトカムの比較をしたRCT Mazer, C. D. et al. Restrictive or Liberal Red-Cell Transfusion for Cardiac Surgery. N. Engl. J. Med. 377, 2133–2144 (201…
pRBCを輸血した犬における血液検査・臨床スコアの関連性 Kisielewicz, C., Self, I. & Bell, R. Assessment of Clinical and Laboratory Variables as a Guide to Packed Red Blood Cell Transfusion of Euvolemic Anemic Dogs. J. Vet. Intern. Med. 28, 57…
Sparse data biasの検出方法と対処方法に関するレビュー Greenland, S., Mansournia, M. A. & Altman, D. G. Sparse data bias: a problem hiding in plain sight. BMJ 352, i1981 (2016). https://www.bmj.com/content/352/bmj.i1981 前回読んだLancetのEdi…
心臓外科における輸血の予測モデルは臨床的に有用かどうか議論したEditorial論文 Bartoszko, J. & Karkouti, K. Can predicting transfusion in cardiac surgery help patients? Br. J. Anaesth. 119, 350–352 (2017). https://doi.org/10.1093/bja/aex216 …
医学研究における統計解析結果の報告方法に関する推奨 Mansournia, M. A. & Nazemipour, M. Recommendations for accurate reporting in medical research statistics. Lancet 403, 611–612 (2024). https://doi.org/10.1016/S0140-6736(24)00139-9 Lancetの…
低次元二値アウトカム（アウトカム発生数がパラメータ数より十分多くない状況）の予測モデル構築におけるパラメータ推定法に関する解説と手法の比較 Pavlou, M., Ambler, G., Seaman, S., Iorio, M. D. & Omar, R. Z. Review and evaluation of penalised re…
予測モデルの性能を評価するときは、データの過学習(Overfitting）を考慮する必要がある。 モデル構築で使用したデータに過剰に最適化され、新規データの予測性能が低下する問題が生じるため。 過学習は予測性能を過剰に見積もるバイアスの原因なので、さま…
大学院の授業でRを用いたサンプルサイズ(必要症例数)の算出方法のシミュレーションを学んだので、拡張して遊んでみた。 サンプルサイズの求め方はいくつかあるが、一例として α(有意水準)、β(検出力)、SD(標準偏差)、興味のある効果量の差、を決めることで算…
prediction model構築の7 stepを解説したチュートリアル論文 Steyerberg, E. W. & Vergouwe, Y. Towards better clinical prediction models: seven steps for development and an ABCD for validation. Eur. Hear. J. 35, 1925–1931 (2014). https://academ…
無兆候MMVD犬に対するACEiの治療効果を評価したSR/MR Donati, P. et al. Angiotensin-converting enzyme inhibitors in preclinical myxomatous mitral valve disease in dogs: systematic review and meta-analysis. J. Small Anim. Pr. 63, 362–371 (2022)…
心臓外科手術の予後予測モデルの更新手法についての提案論文 Hickey, G. L. et al. Dynamic Prediction Modeling Approaches for Cardiac Surgery. Circ.: Cardiovasc. Qual. Outcomes 6, 649–658 (2018). https://www.ahajournals.org/doi/10.1161/CIRCOUTC…
大規模RCTデータを用いて急性心筋梗塞に対する抗血栓治療後の30日死亡の予後予測モデルの構築と性能を評価した研究 Lee, K. L. et al. Predictors of 30-Day Mortality in the Era of Reperfusion for Acute Myocardial Infarction: Results From an Interna…
Target trial emulationの手法を用いて、二年間の体重変動がその後の7年間のCVDリスクに及ぼす影響を評価 Katsoulis, M. et al. Weight Change and the Onset of Cardiovascular Diseases: Emulating Trials Using Electronic Health Records. Epidemiology …
心臓外科の手術死亡の定義の妥当性を評価したretrospective study Chan, P. G. et al. Operative mortality in adult cardiac surgery: is the currently utilized definition justified? J. Thorac. Dis. 13, 5582–5591 (2021). jtd.amegroups.org Society …
実際の完全データセット二種類に対して欠測率を変えながらMCARを人工的に生じさせ、各種補完方法の代入エラー率、予測性能(誤分類率)を評価 Waljee, A. K. et al. Comparison of imputation methods for missing laboratory data in medicine. BMJ Open 3, e…
急性CHFの犬におけるフロセミドIV後のurine Na濃度と治療効果(酸素投与時間)の関連性を評価したretrospective study Convey, V. et al. Urine sodium concentration after intravenous furosemide in dogs with acute congestive heart failure and correlat…
